Вы все правильно делаете, что не кричите и не угрожаете...
Я не склонна вдаваться в психоаналитические теории о причинах подобного поведения, чаще все бывает гораздо проще - по какой-то причине дефекация либо ассоциируется у ребенка с чем-то неприятным (может в детском саду была какая-то история?) либо сам акт был болезненным.
К сожалению, заочно дать действенный рецепт не могу - возможно, тут нужно экспериментировать с рационом...